《溫病合編》以素問熱論為主，同時搜集王叔和、張景岳、吳又可喻嘉言等對溫病病因、證治、順逆的闡發(fā)，間參石氏褒貶，進行理論上的概述。卷一論風溫、溫熱、溫疫、溫毒、暑溫、秋燥、冬溫、溫瘧大綱和溫病察色、辨證方法及傳變規(guī)律。卷二論溫病病機、治則及遣方、用藥等。卷三分表證、里證、五兼證、十夾證、遺證、婦人小兒、論藥宜忌七篇，對頭痛、目脹、發(fā)黃、煩躁、便血、呃逆等九十余癥之表里、寒熱、虛實、脈象、治法一一備述。卷四列論溫毒治證及疫痧表里見證，強調(diào)溫毒與溫熱的區(qū)別，對疫痧之源流、癥狀、順逆、鑒別敘述尤詳。末附類傷寒四證。