故事發(fā)生在19世紀上半葉密西西比河河畔的一個普通小鎮(zhèn)上。湯姆·索亞是一個聰明但調(diào)皮的男孩。他父母雙亡，住在嚴厲但也十分疼愛他的波莉姨媽家里。他活潑好動，有著許多精靈鬼點子，而且不愛學習，總喜歡逃學去釣魚、和流浪兒哈克貝利·費恩閑逛、做“海盜”、搜集各種奇怪的物品。他甚至喜歡上了名叫蓓姬·撒切爾的女孩，并想盡辦法來“追求”她。而他的“愛”也似乎得到了回應。
　　一天半夜，湯姆和哈克去墳地試驗用死貓治疣子的方法，意外地遇上了一場謀殺案——去盜尸的羅賓遜大夫、印第安人喬和酒鬼波特三個人發(fā)生爭執(zhí)，一怒之下，印第安人喬把羅賓遜大夫殺了，并把殺人罪行賴到被打暈的波特身上。當時嚇得夠嗆的湯姆和哈克發(fā)誓，要對此事嚴守秘密。但湯姆在很長時間內(nèi)一直陷于不安之中。
　　后來，湯姆由于蓓姬和他慪氣而與好友喬·哈波一起離家出走，又和哈克一起坐筏子到一個小島上去當“海盜”。鎮(zhèn)上的人不知道他們的去向，以為他們在河里淹死了。在為他們舉行葬禮的那天，他們?nèi)�人卻奇跡般地出現(xiàn)了。湯姆成了學校里的英雄，蓓姬也在不久之后與他重歸于好……
　　不久后，法院終于要審理那場兇殺案——大家都以為兇手是波特時，湯姆克服恐懼，告發(fā)了印第安人喬，但印第安人喬卻當場逃走了。湯姆陷入了極度不安之中。后來，當湯姆和哈克去一個鬼屋“尋找海盜埋藏的財寶”的時候，發(fā)現(xiàn)喬裝打扮的印第安人喬和一個同伙在鬼屋中找到了一部分財寶，并且偷聽到有一個“二號”——另一個藏財寶的地方。他們決定找到“二號”。幾天后，蓓姬、湯姆和一些其他朋友去“野餐會”，他們來到了一個迷宮般的巖洞里玩。湯姆和蓓姬光顧著玩耍，脫離了大伙兒，迷路了。他們在洞里歷盡波折，饑餓、干渴、黑暗和恐懼不斷襲擊著無助的他們。過了好幾天，他們也沒找到出路。更可怕的是，他們在洞中看見了印第安人喬……
　　鎮(zhèn)上的人們都以為他們死在洞中了，波莉姨媽和撒切爾一家都悲痛極了。直到一天半夜——鎮(zhèn)上突然喧鬧起來——湯姆和蓓姬被找到了！原來，湯姆牽著綁在石頭上的風箏線探路，找到了一個出口，然后被幾個好心人送了回來。
　　由于這件事，洞口被封了。湯姆知道后，便把印第安人喬在洞里的事告訴了蓓姬的爸爸撒切爾法官。法官便帶人去查看，洞門被打開了，但印第安人喬旱就餓死了。
　　后來，湯姆經(jīng)過分析，判定財寶已經(jīng)被印第安人喬藏到山洞中了。于是他和哈克偷偷地潛入到山洞中，并根據(jù)他們偷聽到的關于“二號”的描述，找到了一個寶箱——里面有一萬兩千余元！發(fā)現(xiàn)財寶的他們成了大富翁。
　　從此以后，湯姆和啥克變成了小鎮(zhèn)上的“風云人物”，不僅走到哪兒都會受到歡迎，而且他們倆的小傳還登在了鎮(zhèn)報上……