目錄
序
前言
第一章 總論 1
第一節(jié) 種質(zhì)資源研究現(xiàn)狀 1
一、形態(tài)學(xué) 1
二、細(xì)胞遺傳學(xué) 2
三、生化遺傳學(xué) 2
四、分子種群遺傳學(xué) 3
五、功能基因 4
六、組學(xué) 5
第二節(jié) 遺傳改良研究 5
一、雜交育種 5
二、選擇育種 7
三、分子標(biāo)記輔助育種 7
四、雌核發(fā)育育種 7
五、多倍體育種 8
第三節(jié) 種質(zhì)資源保護(hù)存在的問題及保護(hù)策略 9
一、種質(zhì)資源保護(hù)存在的問題 9
二、種質(zhì)資源保護(hù)策略 9
第二章 團(tuán)頭魴種質(zhì)資源 11
第一節(jié) 團(tuán)頭魴形態(tài)學(xué)特征 11
一、梁子湖團(tuán)頭魴雌雄生長特征 11
二、梁子湖、鄱陽湖和淤泥湖團(tuán)頭魴的形態(tài)學(xué)比較 15
三、團(tuán)頭魴形態(tài)性狀對(duì)體重的影響效果分析 24
第二節(jié) 群體遺傳結(jié)構(gòu) 29
一、線粒體基因組 29
二、微衛(wèi)星標(biāo)記 40
三、相關(guān)序列擴(kuò)增多態(tài)性 46
第三章 團(tuán)頭魴分子標(biāo)記的開發(fā)與應(yīng)用 50
第一節(jié) 微衛(wèi)星分子標(biāo)記的開發(fā) 50
一、群體構(gòu)建及測序分析 51
二、微衛(wèi)星分布特征及EST-SSR標(biāo)記的開發(fā) 53
三、微衛(wèi)星多重PCR體系的構(gòu)建 54
第二節(jié) SNP標(biāo)記的開發(fā) 56
一、基于轉(zhuǎn)錄組測序的SNP標(biāo)記開發(fā) 56
二、基于簡化基因組測序的SNP標(biāo)記開發(fā) 58
第三節(jié) 基于微衛(wèi)星標(biāo)記的親子鑒定 59
一、家系構(gòu)建及親子鑒定方法 59
二、親子鑒定結(jié)果與分析 61
第四章 團(tuán)頭魴經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳參數(shù)評(píng)估 65
第一節(jié) 團(tuán)頭魴經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳力評(píng)估 65
一、生長性狀 65
二、抗病性狀 69
第二節(jié) 生長性狀的育種值評(píng)估 73
一、個(gè)體單個(gè)性狀的育種值估算 74
二、個(gè)體綜合育種值 75
第三節(jié) 親本對(duì)子代生長快和生長慢群體的貢獻(xiàn)及優(yōu)良親本選擇 75
一、生長快和生長慢群體的生長表型 76
二、親子鑒定分析 76
三、親本對(duì)生長快和生長慢群體的貢獻(xiàn)分析 77
四、有效群體數(shù)量 79
五、親本育種值分析 79
第四節(jié) 不同地理群體間雜交優(yōu)勢和配合力分析 81
一、6月齡生長性狀 82
二、20月齡生長性狀 87
第五章 團(tuán)頭魴性狀關(guān)聯(lián)分子標(biāo)記的篩選 93
第一節(jié) 生長性狀相關(guān)的分子標(biāo)記 93
一、生長性狀關(guān)聯(lián)微衛(wèi)星標(biāo)記篩選 94
二、生長性狀的QTL定位 98
第二節(jié) 抗病性狀相關(guān)的分子標(biāo)記 101
一、MHC II a基因序列的測定與SNP分析 102
二、轉(zhuǎn)鐵蛋白Tf及其受體TfR1-a基因SNP開發(fā)、鑒定及抗病關(guān)聯(lián)分析 104
三、NLRC3-like基因的SNP開發(fā)、鑒定及抗病關(guān)聯(lián)分析 106
第三節(jié) 耐低氧性狀相關(guān)的分子標(biāo)記 108
一、基于轉(zhuǎn)錄組的低氧相關(guān)SNPs的開發(fā) 109
二、fih-1基因耐低氧性狀SNPs的開發(fā) 111
第六章 團(tuán)頭魴新品種華海1號(hào)的選育 113
第一節(jié) 華海1號(hào)的選育過程 113
第二節(jié) 華海1號(hào)的遺傳進(jìn)展及穩(wěn)定性分析 114
一、遺傳進(jìn)展分析 114
二、染色體遺傳穩(wěn)定性 115
三、群體遺傳一致性 115
第三節(jié) 華海1號(hào)的養(yǎng)殖性能分析 118
一、歷年對(duì)比試驗(yàn)結(jié)果 118
二、歷年生產(chǎn)性能對(duì)比試驗(yàn)結(jié)果 120
第七章 團(tuán)頭魴三倍體和雌核發(fā)育的誘導(dǎo)及鑒定 122
第一節(jié) 三倍體的誘導(dǎo)及鑒定 122
一、誘導(dǎo)方法 122
二、倍性的鑒定 123
第二節(jié) 團(tuán)頭魴雌核發(fā)育的誘導(dǎo)及形態(tài)特征的分析 128
一、誘導(dǎo)方法 129
二、誘導(dǎo)結(jié)果及鑒定分析 129
第三節(jié) 雌核發(fā)育群體的微衛(wèi)星分析 135
一、微衛(wèi)星對(duì)雌核發(fā)育子代的鑒定 135
二、雌核發(fā)育后代純合性的評(píng)價(jià) 137
三、團(tuán)頭魴正常群體和雌核發(fā)育群體微衛(wèi)星位點(diǎn)的遺傳多樣性分析 139
第八章 團(tuán)頭魴全基因組測序及比較研究 141
第一節(jié) 團(tuán)頭魴全基因組測序與進(jìn)化分析 141
一、團(tuán)頭魴全基因組測序 141
二、團(tuán)頭魴全基因組進(jìn)化分析 147
第二節(jié) 高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建 150
一、群體的建立及遺傳連鎖圖譜構(gòu)建的方法 150
二、RAD測序數(shù)據(jù)分析 151
三、SNP分子標(biāo)記發(fā)掘與基因分型 151
四、高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建 152
第三節(jié) 不同食性魚類內(nèi)源性消化系統(tǒng)的比較基因組學(xué)研究 155
一、內(nèi)源性消化酶基因家族分析 156
二、嗅覺基因家族分析 156
三、味覺受體基因家族結(jié)果分析 159
第九章 團(tuán)頭魴功能基因組的研究 165
第一節(jié) 生長性狀相關(guān)的組學(xué)分析 165
一、生長性狀相關(guān)的轉(zhuǎn)錄組分析 165
二、生長性狀相關(guān)的小RNA組分析 169
第二節(jié) 抗病性狀相關(guān)的轉(zhuǎn)錄組分析 178
一、細(xì)菌感染后團(tuán)頭魴肝臟的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究 178
二、細(xì)菌感染后團(tuán)頭魴肝臟、脾臟、腎臟混合組織轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究 183
三、細(xì)菌感染后團(tuán)頭魴肝臟小RNA組學(xué)研究 187
第三節(jié) 耐低氧性狀相關(guān)的轉(zhuǎn)錄組分析 199
第四節(jié) 肌間骨性狀相關(guān)的組學(xué)分析 211
一、不同組織轉(zhuǎn)錄組分析 211
二、不同組織miRNA組分析 222
第十章 團(tuán)頭魴性狀相關(guān)基因的結(jié)構(gòu)和功能分析 229
第一節(jié) 生長相關(guān)基因 229
一、生長相關(guān)基因的克隆 229
二、生長相關(guān)基因?qū)ζ渖�長發(fā)育的表達(dá)調(diào)控 230
第二節(jié) 免疫相關(guān)基因 238
一、Toll樣受體基因 238
二、熱激蛋白基因 247
三、MHC II基因 252
四、干擾素調(diào)節(jié)因子 255
五、白細(xì)胞介素6的表達(dá)及其啟動(dòng)子活性分析 259
六、補(bǔ)體系統(tǒng)基因 263
七、鐵代謝相關(guān)基因 268
第三節(jié) 耐低氧相關(guān)基因 281
一、低氧感受基因——phd和fih 282
二、低氧響應(yīng)基因——Hif-α家族 289
第四節(jié) 其他相關(guān)基因 290
一、ghrelin、NPY和CCK基因 290
二、團(tuán)頭魴MRF家族基因的序列特征和功能分析 295
三、Dmrt家族基因 298
主要參考文獻(xiàn) 306