本書包含目前應用廣泛的12個教學實例：7個量子化學范疇的實例和5個統(tǒng)計力學范疇的實例，涵蓋從電子尺度、分子及分子聚集體尺度到生物大分子體系跨尺度的仿真模擬實習，不但涉及模型的構(gòu)建、分子光譜、化學反應機理探討、液體微觀結(jié)構(gòu)、動力學性質(zhì)和熱力學常數(shù)的計算，而且包括蛋白質(zhì)的分子識別、藥物的靶向輸運及分子自組裝等涉及物質(zhì)科學的結(jié)構(gòu)和性能多方面的熱點問題。采用的方法既有量子力學方法和密度泛函理論（DFT方法）、分子動力學方法（MD），也有拉伸分子動力學方法（SMD）、反應分子動力學方法（RxMD）以及粗粒度模擬的方法（CG）。