目錄
第1章 家牛品種資源概況1
1.1 普通牛和瘤牛的外形差異 1
1.2 普通牛和瘤牛的抗病力差異 2
參考文獻(xiàn) 2
第2 章 候選基因、DNA甲基化、microRNA與蛋白質(zhì)組學(xué)簡(jiǎn)況 4
2.1 候選基因 4
2.1.1 Toll樣受體家族 4
2.1.2 RLR家族 7
2.2 DNA甲基化 9
2.2.1 DNA甲基化的定義與特征 9
2.2.2 DNA甲基化在哺乳動(dòng)物中的應(yīng)用 10
2.3 microRNA 11
2.3.1 microRNA的定義 11
2.3.2 microRNA的作用 12
2.3.3 microRNA在家牛中的應(yīng)用 13
2.4 蛋白質(zhì)組學(xué) 15
2.4.1 蛋白質(zhì)組學(xué)在家牛疫病方面的研究進(jìn)展 15
2.4.2 蛋白質(zhì)組學(xué)在家畜研究中的應(yīng)用 18
參考文獻(xiàn) 19
第3章 候選基因序列變異與普通牛和瘤牛間抗病力差異分析 28
3.1 Toll樣受體基因序列變異與云南普通牛和瘤牛間抗病力差異分析 28
3.1.1 材料與方法 28
3.1.2 結(jié)果與分析 31
3.1.3 討論.41
3.2 RIGⅠ樣受體基因序列變異與云南普通牛和瘤牛間抗病力差異分析 44
3.2.1 材料與方法 44
3.2.2 結(jié)果與分析 44
3.2.3 討論 53
參考文獻(xiàn) 53
第4 章 基于全基因組重亞硫酸鹽測(cè)序的普通牛與瘤牛的DNA甲基化差異分析 56
4.1 材料與方法 56
4.1.1 實(shí)驗(yàn)材料 56
4.1.2 實(shí)驗(yàn)方法 56
4.1.3 數(shù)據(jù)分析 57
4.2 結(jié)果與分析 59
4.2.1 WGBS數(shù)據(jù)質(zhì)量控制和序列比對(duì) 59
4.2.2 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)和覆蓋度分析 60
4.2.3 甲基化C分布趨勢(shì)分析 61
4.2.4 堿基偏好性 66
4.2.5 甲基化圖譜 66
4.2.6 差異甲基化分析 68
4.2.7 GO功能分析 70
4.2.8 KEGG通路分析 72
4.3 討論 73
參考文獻(xiàn) 76
第5章 普通牛和瘤牛肝、脾組織中microRNA的鑒定及差異表達(dá)分析 78
5.1 材料與方法 78
5.1.1 實(shí)驗(yàn)材料 78
5.1.2 實(shí)驗(yàn)方法 78
5.1.3 數(shù)據(jù)分析 78
5.2 結(jié)果與分析 84
5.2.1 高通量測(cè)序數(shù)據(jù)結(jié)果 84
5.2.2 已知miRNA和新miRNA的鑒定及分析 85
5.2.3 各樣本miRNA的表達(dá)分析 86
5.2.4 已知miRNA和新miRNA的差異表達(dá)分析 88
5.2.5 差異表達(dá)已知miRNA的靶基因預(yù)測(cè) 89
5.2.6 差異表達(dá)已知miRNA靶基因的功能富集分析 90
5.2.7 RTqPCR驗(yàn)證miRNA的表達(dá)分析 96
5.3 討論 98
參考文獻(xiàn) 101
第6章 普通牛和瘤牛肝、脾組織的比較蛋白質(zhì)組學(xué)研究 103
6.1 材料與方法 103
6.1.1 實(shí)驗(yàn)材料 103
6.1.2 實(shí)驗(yàn)方法103
6.1.3 數(shù)據(jù)分析105
6.2 結(jié)果與分析 107
6.2.1 肝、脾組織蛋白質(zhì)的質(zhì)譜結(jié)果 107
6.2.2 差異蛋白分析 108
6.2.3 蛋白質(zhì)GO功能注釋分析 109
6.2.4 蛋白質(zhì)KEGG通路分析 113
6.2.5 參與原蟲(chóng)疾病通路的差異蛋白分析 119
6.2.6 PRM驗(yàn)證差異蛋白的結(jié)果分析 121
6.3 討論 123
參考文獻(xiàn) 127
附錄 131