1895年11月17日（即清光緒二十一年農(nóng)歷十月一日），何士驥出生于浙江諸暨縣北鄉(xiāng)上山頭村。何士驥幼年家貧，有志向?qū)W，其父何忠德靠給紹興地主家佃種土地、打長(zhǎng)工撫養(yǎng)其長(zhǎng)大，并供其讀書(shū)學(xué)習(xí)。故其14歲時(shí)方才進(jìn)入私塾讀書(shū)，且時(shí)斷時(shí)續(xù)，不時(shí)仍須輟學(xué)回家務(wù)農(nóng)放牛，以賺取學(xué)費(fèi)，補(bǔ)貼家用。辛亥革命后，何士驥先后就讀于本地養(yǎng)春初等小學(xué)和覺(jué)民高等小學(xué)，均以學(xué)習(xí)用功、成績(jī)第一而跳級(jí)畢業(yè)，但因家貧無(wú)力進(jìn)學(xué)，遂在本鄉(xiāng)長(zhǎng)瀾鎮(zhèn)達(dá)泉兩等小學(xué)任教一年，尋又考入杭州的浙江省立第一師范學(xué)校免費(fèi)學(xué)習(xí)，各門(mén)功課始終名列前茅。畢業(yè)后又無(wú)力上大學(xué)，通過(guò)經(jīng)亨頤校長(zhǎng)的介紹，進(jìn)入浙江省教育會(huì)工作，擔(dān)任文牘干事。1921年秋至上海，擔(dān)任澄衷學(xué)校國(guó)文教員。因不喜上海的社會(huì)環(huán)境，又赴北京求學(xué)。到北京后，為了維持生活，經(jīng)錢(qián)玄同介紹，進(jìn)入孔德學(xué)校擔(dān)任國(guó)文教員，同時(shí)在北京大學(xué)國(guó)文系旁聽(tīng)學(xué)習(xí)。
1925年，清華學(xué)校開(kāi)始改制，在添設(shè)大學(xué)部的同時(shí)設(shè)立研究院，以與大學(xué)本科教育相銜接，備清華大學(xué)或他校之畢業(yè)生，對(duì)特種問(wèn)題為高深之研究；其研究由專(zhuān)家指導(dǎo)之《清華大學(xué)之工作及組織綱要》，《清華大學(xué)籌備委員會(huì)報(bào)告草案》，《清華周刊》第332期，第33頁(yè)。。由于當(dāng)時(shí)經(jīng)費(fèi)所限，經(jīng)過(guò)多次討論，校方?jīng)Q定研究院先設(shè)國(guó)學(xué)門(mén)一科，即后來(lái)一般所說(shuō)的清華國(guó)學(xué)研究院或清華國(guó)學(xué)院。清華國(guó)學(xué)研究院以研究高深學(xué)術(shù)，造成專(zhuān)門(mén)人才為宗旨，研究?jī)?nèi)容主要為中國(guó)語(yǔ)言、歷史、文學(xué)、哲學(xué)等，計(jì)劃招收國(guó)內(nèi)外大學(xué)畢業(yè)生，或具有相當(dāng)之程度者，各校教員，或?qū)W術(shù)機(jī)關(guān)服務(wù)人員，具有學(xué)識(shí)及經(jīng)驗(yàn)者，各地自修之士，經(jīng)史小學(xué)等具有根柢者，其目的在于培養(yǎng)以著述為畢生事業(yè)者和各種學(xué)校之國(guó)學(xué)教師。國(guó)學(xué)院的制度略仿我國(guó)傳統(tǒng)書(shū)院和英國(guó)大學(xué)制度，研究方法注重個(gè)人自修，教授專(zhuān)任指導(dǎo)，其分組不以學(xué)科而以教授個(gè)人為主；教授將其所擔(dān)任指導(dǎo)之學(xué)科范圍公布，由各學(xué)員與教授自由談話(huà)，就一己志向、興趣與學(xué)力之所近，擇定研究題目，隨時(shí)接受教授指導(dǎo)，就此題切實(shí)研究；教授所擔(dān)任指導(dǎo)之學(xué)科范圍由其自定，同一科目可有數(shù)位教授并任指導(dǎo)，各為主張，學(xué)員須自由擇定教授一位，專(zhuān)從請(qǐng)業(yè)，其因題目性質(zhì)須同時(shí)兼受數(shù)位教授指導(dǎo)者亦可；教授于專(zhuān)從本人請(qǐng)業(yè)之學(xué)員，應(yīng)訂定時(shí)間，常與接談，考詢(xún)成績(jī)，指示方法及應(yīng)讀書(shū)籍；除分組指導(dǎo)、專(zhuān)題研究外，教授均須為普通演講，每星期至少一小時(shí)，所講或?yàn)閲?guó)學(xué)根柢之經(jīng)史小學(xué)，或治學(xué)方法，或本人專(zhuān)門(mén)研究之心得；特別講師須專(zhuān)就一定之學(xué)科范圍演講一次或多次；學(xué)員研究成績(jī)經(jīng)教授認(rèn)為確有價(jià)值者，亦得由該教授介紹，向本組學(xué)員或公眾為一次或數(shù)次演講；教授、講師之講稿著作，及學(xué)員研究之成績(jī)經(jīng)教授認(rèn)為確有價(jià)值者，得由研究院出版；教授、學(xué)員當(dāng)隨時(shí)切磋問(wèn)難，砥礪觀摩，俾養(yǎng)成敦厚善良之學(xué)風(fēng)，而受浸潤(rùn)熏陶之效。參見(jiàn)《清華學(xué)校研究院章程》，《清華周刊》第339期，第5255頁(yè)。這種組織制度與同時(shí)期其他大學(xué)的國(guó)學(xué)研究機(jī)構(gòu)皆有所不同，在當(dāng)時(shí)的中國(guó)實(shí)屬創(chuàng)舉。
其實(shí)，除了外在的具體制度外，清華國(guó)學(xué)研究院與其他國(guó)學(xué)研究院所的基本區(qū)別還在于其內(nèi)在的辦學(xué)旨趣與學(xué)術(shù)精神，而這種旨趣與精神可以用融會(huì)中西四個(gè)字來(lái)概括。誠(chéng)如國(guó)學(xué)院主任吳宓在開(kāi)學(xué)典禮中所言，惟茲所謂國(guó)學(xué)者，乃指中國(guó)學(xué)術(shù)文化之全體而言，而研究之道，尤注重正確精密之方法，（即時(shí)人所謂科學(xué)方法）并取材于歐美學(xué)者研究東方語(yǔ)言及中國(guó)文化之成績(jī)，此又本校研究院之異于國(guó)內(nèi)之研究國(guó)學(xué)者也，故所聘之教授、講師，亦須具有上言之三種資格，（一） 通知中國(guó)學(xué)術(shù)文化之全體，（二） 具正確精密之科學(xué)的治學(xué)方法，（三） 稔悉歐美日本學(xué)者研究東方語(yǔ)言及中國(guó)文化之成績(jī)，與學(xué)生以個(gè)人接觸，親近講習(xí)之機(jī)會(huì)，期于短時(shí)間內(nèi)，獲益至多。吳宓：《清華開(kāi)辦研究院之旨趣及經(jīng)過(guò)》，《清華周刊》第351期，第12頁(yè)。而校長(zhǎng)曹云祥在致辭中亦云：現(xiàn)在中國(guó)所謂新教育，大都抄襲歐美各國(guó)之教育，欲謀自動(dòng)，必須本中國(guó)文化精神，悉心研究。所以本校同時(shí)組織研究院，研究中國(guó)高深之經(jīng)史哲學(xué)。其研究之法，可以利用科學(xué)方法，并參加中國(guó)考據(jù)之法。曹云祥：《開(kāi)學(xué)詞》，《清華周刊》第350期，第4頁(yè)。
清華國(guó)學(xué)研究院第一屆招生考試主要分三部分進(jìn)行，第一部分為普通國(guó)學(xué)，注重普通學(xué)識(shí)，用問(wèn)答題；第二部分為作論文一篇，限兩小時(shí)完成；第三部分為專(zhuān)門(mén)科學(xué)，原定經(jīng)學(xué)、中國(guó)史、小學(xué)、中國(guó)文學(xué)、中國(guó)哲學(xué)、外國(guó)語(yǔ)（英文、德文或法文）、自然科學(xué)（物理學(xué)、化學(xué)或生物學(xué)）、普通語(yǔ)言學(xué)八門(mén)，考生于其中任擇三門(mén)作答，后為減輕難度，僅以經(jīng)學(xué)、中國(guó)史和小學(xué)三門(mén)為范圍。1925年5月，國(guó)學(xué)研究院籌備處發(fā)布準(zhǔn)考生通告，指定考試第三部分之專(zhuān)門(mén)科學(xué)的參考書(shū)，以便考生得有范圍，可就此準(zhǔn)備。其中，經(jīng)學(xué)為王引之《經(jīng)義述聞》，中國(guó)史為劉知幾《史通》與章學(xué)誠(chéng)《文史通義》，小學(xué)為段玉裁《說(shuō)文解字注》。《新聞》，《清華周刊》第347期，第29頁(yè)。國(guó)學(xué)院同時(shí)規(guī)定，學(xué)員一經(jīng)錄取后，須按期到院，常川住宿，潛心研究，篤志學(xué)問(wèn)；學(xué)員研究期限，以一年為率，但遇有研究題目較難、范圍較廣，而成績(jī)較優(yōu)者，經(jīng)教授特別許可，得續(xù)行研究一年或二年；學(xué)員免交學(xué)費(fèi)及住宿費(fèi)，但每學(xué)期入學(xué)時(shí)應(yīng)繳膳費(fèi)約三十五元，預(yù)存賠償費(fèi)五元。
何士驥得知清華設(shè)立國(guó)學(xué)研究院的消息后，隨即報(bào)名投考，并提交了一些自己撰寫(xiě)的文章，遂被錄取為國(guó)學(xué)院首屆研究生。與其同時(shí)考取的還有劉盼遂、吳其昌、程憬、徐中舒、楊鴻烈、王庸、周傳儒、楊筠如、方壯猷、高亨、杜鋼百、姚名達(dá)等32人，實(shí)際報(bào)到者29人。