《日本陽明學派之哲學》根據(jù)對立統(tǒng)一的原則，為江戶以來的日本陽明學派設計了一個對立面朱子學派，然后根據(jù)正反合原則，把中立于陽明學和朱子學之間的學者劃歸為古學派，企圖折衷二者矛盾的學者的歸納為折衷學派,最后把都不沾邊的學者劃歸為獨立學派。在此之上該書詳細論述了日本陽明學從江戶到明治時期的傳承，按流派和人物全面論述了日本陽明學派的源流、內容和特征。井上哲次郎的《日本陽明學派之哲學》是迄今為止日本陽明學最權威的著作，為日本陽明學在日本學術界掙得了正式的話語權。

《日本陽明學派之哲學》對中國學者的影響非常深遠。如戊戌變法失敗后逃亡日本的梁啟超的日本陽明學修養(yǎng)和知識見聞基本上來源于該書;張君勱的《中日陽明學比較》以該書為知識源泉;朱謙之的《日本古學及陽明學》以該書為藍本寫成。