目錄
前言
緒論 1
第一節(jié) 計(jì)算生物學(xué)的起源和研究內(nèi)容 1
第二節(jié) 計(jì)算生物學(xué)的數(shù)學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)基礎(chǔ)2
第三節(jié) 計(jì)算機(jī)科學(xué)基礎(chǔ) 7
本章小結(jié) 15
第一章 高通量數(shù)據(jù)分析 16
第一節(jié) 基因組組裝 16
第二節(jié) 基因變異檢測 19
第三節(jié) RNA測序分析的基本方法 25
第四節(jié) 基因的注釋 34
第五節(jié) 差異表達(dá)基因的篩選 36
第六節(jié) 基因功能的富集分析 39
本章小結(jié) 44
第二章 單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)的分析 46
第一節(jié) 單細(xì)胞測序技術(shù) 46
第二節(jié) 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)預(yù)處理 52
第三節(jié) 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析方法 56
案例分析：單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)聚類分析61
本章小結(jié) 62
第三章 蛋白質(zhì)組學(xué)及其功能預(yù)測 64
第一節(jié) 蛋白質(zhì)組學(xué)概述 64
第二節(jié) 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測 70
第三節(jié) 蛋白質(zhì)功能預(yù)測 74
案例分析：蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測 80
本章小結(jié) 83
第四章 分子進(jìn)化的計(jì)算生物學(xué)分析 85
第一節(jié) 分子進(jìn)化的基本概念 85
第二節(jié) 系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建 91
第三節(jié) 系統(tǒng)發(fā)育樹的應(yīng)用 102
案例分析：基于全基因組序列的新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）多算法系統(tǒng)發(fā)育樹分析 104
本章小結(jié) 106
第五章 計(jì)算表觀遺傳學(xué) 108
第一節(jié) 基因組的DNA甲基化及數(shù)據(jù)分析 108
第二節(jié) 組蛋白修飾及數(shù)據(jù)分析 120
本章小結(jié) 127
第六章 計(jì)算癌癥生物學(xué) 128
第一節(jié) 癌癥生物標(biāo)記亞型鑒定方法 128
第二節(jié) 癌癥預(yù)警和風(fēng)險(xiǎn)評估模型 136
第三節(jié) 癌癥個(gè)性化治療 142
本章小結(jié) 145
第七章 計(jì)算免疫學(xué) 146
第一節(jié) 計(jì)算免疫學(xué)概述 146
第二節(jié) 腫瘤免疫浸潤分析方法 148
第三節(jié) 腫瘤抗原鑒定的計(jì)算 156
第四節(jié) T細(xì)胞受體的分析 164
案例分析：免疫細(xì)胞浸潤算法工具的實(shí)踐 167
本章小結(jié) 182
第八章 藥物設(shè)計(jì)的計(jì)算方法和應(yīng)用 184
第一節(jié) 藥物性質(zhì)計(jì)算 184
第二節(jié) 藥物設(shè)計(jì)方法 191
第三節(jié) 精準(zhǔn)用藥 204
本章小結(jié) 206
第九章 影像組學(xué)與人工智能 208
第一節(jié) 影像組學(xué) 208
第二節(jié) 影像組學(xué)的分析方法 213
案例分析：構(gòu)建卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行圖片分類預(yù)測 223
本章小結(jié) 224
第十章 基因編輯系統(tǒng)的識別與功能分析 226
第一節(jié) 基因編輯系統(tǒng)概述 226
第二節(jié) 基因編輯技術(shù)的發(fā)展歷程 226
第三節(jié) 基因編輯工具 229
本章小結(jié) 233
第十一章 大數(shù)據(jù)資源及工具 234
第一節(jié) 大型測序數(shù)據(jù)庫 234
第二節(jié) 數(shù)據(jù)分析在線資源 250
本章小結(jié) 261
主要參考文獻(xiàn) 262