書稿梳理了方以智哲學思想的來源以及歷程，力圖全面呈現方以智的哲學世界，將其分三個層次：哲學體系、哲學精神、生活世界。哲學體系主要指本體論與體用觀，圍繞方以智原創(chuàng)的基本哲學范疇——“余”；體用觀簡稱“體用互余”(體為用本用為體本)，這是對“體用一源”與“體用不二”的繼承與創(chuàng)新。方以智的哲學體系特點是善用“余”，尤其是對“余”的揭示，顯示出他的哲學持色與創(chuàng)造性。在形式上，本書分章論述知行觀、人性論、三教觀、天人觀等，這些章節(jié)貫通的內在哲學依據是正余關系。哲學精神包括會通孔莊以托孤、攖寧、“怒化生生”。方以智的哲學精神源于明清鼎革之際的遺民情節(jié)，以此化解理想與現實的矛盾。書稿指出，方以智的哲學還具體化為生活場景，如中五道場，將哲學表達在建筑中；他的哲學還表現在國家的理想，即他構建的哲學文化層次的中國。