本書分六卷，卷一述古，博采前人關于瘟疫的論述。卷二論治，包括總論十二條及瘟疫統(tǒng)治八法、瘟疫六經(jīng)治法、瘟疫雜癥治略等。卷三雜疫，廣泛收集各種疫癥，共七十二癥。卷四辨疑，作者根據(jù)自己的心得體會對前人關于瘟疫的論述進行了辨析。卷五諸方，設避瘟方、除瘟方兩類，載方一百二十余首。卷六運氣，以《內經(jīng)》“人與天地相參”理論為基礎，分析瘟疫的發(fā)生規(guī)律。