考中進士是馮桂芬人生一大轉折點：從此以后，他告別了青燈黃卷、三年一考、屢敗屢戰(zhàn)的科舉煎熬生活，踏上了仕途。
中進士之后，馮桂芬被授翰林院編修。翰林院自唐朝始設，以后歷代沿置，職能大同小異。清代翰林院掌修史、撰文，凡撰祝文、冊文、寶文、祭文、碑文，纂修實錄、圣訓、本紀、玉牒等，或直接承辦，或派員參與，南書房侍直、上書房教習、進士朝考、鄉(xiāng)試、會試諸事，咸與其事。設掌院學士滿、漢各一員為長官，由大學士、尚書等重臣兼領。下設侍讀學士、侍講學士、侍讀、侍講、修撰、編修、檢討等職。下屬機構有庶常館、起居注館、國史館等。翰林院實際上是高級官員儲備機構，翰林官皆出身于進士中年紀較輕、品次較高者，職務閑散，禮遇甚優(yōu)，升遷較快。馮桂芬實際任職是在這年秋天。兩個月后，為母親慶祝七十大壽，馮桂芬告假南歸。
道光二十一年七月，馮桂芬奉父母赴京任職。此后幾年中，他主要在京師任職。
道光二十三年八月，朝廷舉辦翰林院、詹事府大考，由道光皇帝親自評定等第。馮桂芬詩賦列二等，奉旨“遇缺提奏”。不久，被命為癸卯科順天鄉(xiāng)試同考官。順天鄉(xiāng)試，地在京師，天下矚目。這是馮桂芬考中進士以后，第一次擔任比較實際的官職。以前是人考他，現在是他考人，他工作得格外精心。這次鄉(xiāng)試，得士十四人。
道光二十四年春天，何紹基等人在京集資于京師城西建顧亭林祠，并舉行公祭，名流學者二十余人參加，包括苗夔、湯鵬、張穆、陳慶鏞等，馮桂芬也參與其事。時有春禊、秋禊二圖，同人多有賦詩。
同年，馮桂芬被任命為甲辰科廣西鄉(xiāng)試正考官。這年，以明年為皇太后七十壽辰，因此在秋天舉行恩科鄉(xiāng)試。馮桂芬奉命偕檢討、副主考官祁宿藻典試廣西。他們六月初從京師出發(fā)，過通州，沿運河南下，日行夜宿，或水或陸，或舟或轎，八月初馳抵桂林。這次鄉(xiāng)試，有二千四百多人參考，結果，得士四十五人，副榜九人。馮桂芬自稱對于已薦未薦之卷，靡不披覽，于制藝考其業(yè)，于詩律考其志，于策對驗其識，務求因言觀行，以文見人。其時，在廣西做官的，有兩廣總督耆英，廣西巡撫周之琦，布政使張祥河，按察使寶清等。
出差廣西途中，馮桂芬順道游覽了祁陽浯溪。祁陽在湖南境內，湘江邊上，為由衡陽進廣西的必經之地。浯溪距祁陽五里，為著名的風景名勝地，唐代著名文學家元結任道州刺史時，在這里吟詠很多。馮桂芬第一次到那么遠的地方做正考官，情緒很好，乘興游覽，并寫了《游祁陽浯溪記》。記云： 湘水以西，石磯聳出江滸，壁立數仞，摩崖勒詩。渡石梁下為浯溪，水源出雙井，甚清冽。環(huán)井三面為亭，西面高阜，隆然特起，怪石森列，俯瞰湘江，拱揖群山，境清而雄。
馮桂芬有感于石壁之上鐫詩題名不可數計，而且今皆完好，安然無恙，然而試舉其一二名字問游客那都是些什么人，大家則面面相覷，誰都不知道，他深有感慨地說：“士則貴自立而已，文章功業(yè)無所表見于世，而妄思附青云以自顯，庸詎可得耶？”言詞之間，流露出馮桂芬在文章功業(yè)方面要有一番作為的雄心壯志。
出差廣西途中，有一件事情讓馮桂芬永志難忘。馮桂芬路過湖南，一位在那里當官的江浙朋友，告訴他一件耒陽民眾抗官的事情：道光二十三年，未陽人段拔萃因為兩次到京師控告當地賦稅，結果反被州政府以誣告罪關進監(jiān)獄，耒陽鄉(xiāng)人聚眾劫獄，將段救走。自此，耒陽縣民拒不納賦稅。州政府采取強硬措施，帶兵強迫百姓繳納賦稅。但是，壓力稍輕，人民復反，有諸生領頭，倡眾斂錢，造兵械，募鄉(xiāng)勇，習戰(zhàn)射，受詞訟，筑險隘，儼然一個政府，自我管理，國家奈何不得。第二年五月二十七日，耒陽縣城也被他們攻克。后來被州政府調官兵鎮(zhèn)壓。馮桂芬聽說此事以后，覺得很不尋常，遂記載下來，題為《耒陽紀聞》。后來，文為江蘇巡撫李星沅看見，李為湖南人，深知其地民情，他對馮桂芬說：所記與事實不符，“此事罪在官，不在民”，你們吳人那么溫和馴良，州縣尚且那么兇狠，你這么記載，心能平嗎？他勸馮桂芬刪除此文。馮桂芬轉念一想，覺得李星沅說的完全在理，感到這些年來，積習已重，“官與民相詬，而官誣民尤甚”。馮桂芬深為自己輕信官言、不察實情而自責，所以，他把《耒陽紀聞》原封不動地保留下來，而在文末記了自己思想變化的過程。
馮桂芬從廣西回到京城已是冬天，去禮部復差后，仍回翰林院供職。
道光二十五年，馮桂芬任國史館協(xié)修、教習庶吉士等，參與編纂《實錄》。十月二十六日，母謝氏病逝于京邸。馮桂芬極度悲傷，哀毀骨立。翌年夏，乞假扶母櫬由潞河南歸，其父馮智懋同行。此后兩年間，守制在籍。
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