圓珍將在唐搜尋抄錄的佛經、章疏、著述及碑銘等隨時加以整理，先后編寫出以下兩類目錄：第一類是按求得典籍的地點編錄，編出福州《開元寺求得經疏記等目錄》載錄一百五十六卷、《福州溫州臺州求得經律論疏記外書目錄》載錄四百五十八卷、長安《青龍寺求法目錄》載錄一百一十五卷，后有圓珍求青龍寺法全“檢�！庇枰宰C明的疏狀、法全表明圓珍已受密教大法及得阿閣梨位的書狀。第二類屬于總目錄，編有《日本比丘圓珍人唐求法目錄》載錄三百四十一本（部）七百七十二卷，前后也按得書地點編目，其中不包括零碎經論和抄寫未畢者；《日本國上都比睿山延歷寺比丘圓珍入唐求法總目錄》載錄四百四十一本（部）一千卷，前面有“大唐國浙江東道臺州唐興縣天臺山國清寺”，表明這正是圓珍在大中十二年閏二月通過國清寺上呈臺州刺史要求給予公驗印信的目錄。然而現本后面署的時間是大中十二年五月十五日，表明后又有修補�，F《大正藏》卷五十五所載名稱為《智證大師請來目錄》，因為“智證大師”是圓珍死后三十六年天皇所賜謚號，可見這個名稱是后人改用的。
　　圓珍回國后，將自己在唐求法經歷寫成《在唐巡禮記》五卷，現已不存，僅有后人摘編部分內容的《行歷抄》《在唐日錄》。另有《師友唱酬詩集》十二卷，已佚，現存18世紀園城寺敬光編錄的《風藻餞言集》，載有圓珍在唐僧俗友人的詩十六首二句、書狀七篇。
　　圓珍回國的第二年，得到清和天皇的召見，他將先文德天皇愿求的胎藏、金剛界兩部曼荼羅進奉天皇，得到朝廷允許他在全國傳法的敕印公驗。當時藤原良房擔任太政大臣，對圓珍傳法給予種種方便。
　　當時日本朝野風行密教。清和天皇貞觀六年（864）圓珍奉敕人京，在仁壽殿結壇，為以太政大臣藤原良房為首的臣僚舉行密教胎藏界灌頂儀式，為天皇等人講《大日經》，后被安置于冷然院“持念壇”專為天皇寶祚、皇后祈禱。清和天皇貞觀十年（868），圓珍五十五歲，敕任比睿山延歷寺座主。圓珍在清和天皇貞觀十四年（872）九月回到比睿山，直到去世也沒有出山。他的地位日益提升，在宇多天皇寬平二年（890）經全山僧眾上表推舉和太政大臣藤原基經的推薦，圓珍受任全國僧官職位之一的少僧都。圓珍于寬平三年（891）十月去世，年七十八。
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