持續(xù)進行改建工程的橫濱車站，終于開始了自我增殖，侵噬了日本本州99%的土地。被橫濱車站侵噬的土地都稱為站內。站內居民，大腦被植入Suika管控。車站系統(tǒng)會通過Suika監(jiān)控每個人，若有人的Suika非法或有人無Suika進入站內，會立刻受到附近的自動檢票機的驅逐。

因為有海峽的阻隔，橫濱車站尚未侵入九州島，但侵占行動從未停歇。九州島在JR福岡公司的控制下，一直在抵御橫濱車站的入侵。此外，還有技術較發(fā)達的JR北日本公司也在通過各種手段抵御橫濱車站的擴張。

未植入Suika的站外少年尋人，從小到大都生活在站外。他身負多年前流浪到站外的老人的囑托——尋找42號出口，通過“18車票”（18車票為一種臨時性站內通行證）進入車站，開始了為期五天的站內之旅。

在站內，尋人遇到了一直隱藏在站內反抗車站統(tǒng)治的組織首領，遇到了搜集站內情報的JR北日本的仿生人間諜，一路東躲西藏，經過一系列歷險，終于到達了“42號出口”。

與此同時，JR福岡的員工久保利，因厭倦了自己的工作，偷逃到四國島。四國島雖也未被橫濱車站入侵，但那里資源匱乏，秩序混亂。在四國島，久保利遇到了JR北日本的另一個仿生人間諜，兩人一起開啟了一段冒險之旅。

當年日本一直在戰(zhàn)爭籠罩下，橫濱車站不斷被炮火破壞，人們于是開發(fā)出能不斷自我修復的技術應用于橫濱車站。結果技術失控，橫濱車站開始瘋狂的自我復制增殖，不停擴張。而“42號出口”存有對抗車站失控增殖的裝置。經過再三考慮，尋人按下了消除整個橫濱車站的按鈕。