1199年，源賴朝去世。源賴朝死后，幕府政權(quán)被他的妻子北條政子和岳父北條時政掌握。自此幕府政權(quán)中將軍成了擺設(shè)，實(shí)權(quán)則被北條氏世襲的執(zhí)權(quán)所領(lǐng)導(dǎo)。1219年，北條義時唆使源賴家遺子源公曉暗殺源實(shí)朝，隨后借此殺害源公曉，源氏家族絕嗣，北條政子成為統(tǒng)治者，并擁立與源氏有血緣關(guān)系的藤原賴經(jīng)為將軍。1221年，后鳥羽上皇策動倒幕戰(zhàn)爭，史稱承久之亂，但以失敗告終。

承久之亂后，公家政權(quán)開始衰落，武士階層得到了前所未有的發(fā)展。但是鐮倉幕府的穩(wěn)定局面沒有維持多久，中日兩國的元日戰(zhàn)爭加速了鐮倉幕府的衰退與覆滅，并加深了公家與武家的裂痕。1318年，后醍醐天皇即位，決心恢復(fù)皇室權(quán)威，廢黜院政，開始親征。1331年，后醍醐天皇再次密謀倒幕，后被幕府軍打敗，史稱元弘之亂，后醍醐天皇被流放，第二次倒幕運(yùn)動失敗。 1333年，各地豪族都開始倒幕，幕府派足利高氏（足利尊示）前去平亂，足利高氏早已不滿北條氏專制政權(quán)，途中倒戈，攻下了鐮倉，后一代執(zhí)權(quán)北條高時自殺，鐮倉幕府滅亡。后醍醐天皇退位后敗走吉野，日本進(jìn)入南北朝時期。

公元1336年，足利高氏建立政權(quán)，是為早的室町幕府。室町幕府直到第三代將軍足利義滿的時候才逐漸穩(wěn)定下來。1392年，足利義滿統(tǒng)一南北朝。足利義滿重視對于寺社和地方守護(hù)的打壓，對過于強(qiáng)大的地方勢力給予嚴(yán)厲的壓制。這一定程度上減弱了幕府的外部威脅，但并不能阻止內(nèi)部隱患的產(chǎn)生。1467年，圍繞將軍繼承問題，細(xì)川氏與山名氏兩大派系的朋黨傾軋達(dá)到了，后直接訴諸武力，史稱應(yīng)仁之亂。應(yīng)仁之亂后，各地大名看準(zhǔn)了這個能夠成為天下人的契機(jī)紛紛起兵，意圖在亂世中一展身手，戰(zhàn)國時代來臨了。