本書主要內(nèi)容包括:生物信息數(shù)據(jù)庫與軟件搜集、數(shù)據(jù)庫的檢索、利用BLAST進行序列相似性比對、多序列對位排列——Clustal分析、分子進化分析——系統(tǒng)進化樹的構(gòu)建等。
《生物信息學(xué)》是人類基因組計劃完成后,伴隨測序技術(shù)的快速發(fā)展,基因組、轉(zhuǎn)錄組等各種組學(xué)相繼開展研究,使得越來越多的核苷酸序列、氨基酸序列、生物大分子的結(jié)構(gòu)等生物分子信息數(shù)據(jù)呈指數(shù)增長,大量生物數(shù)據(jù)庫及生物軟件的增長也越來越快,因此生物信息學(xué)成為21世紀(jì)生命科學(xué)的核心課程。生
物信息學(xué)是一個學(xué)科領(lǐng)域含著基因組信息的獲取、處理、存儲、分配、分析和解釋的所有方面,是把基因組DNA序列信息分析作為源頭,破譯隱藏在DNA序列中的遺傳語言,是非編碼區(qū)的結(jié)能,同時在發(fā)現(xiàn)了新基因信息之行蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)模擬和預(yù)測逐漸成為研究熱點。21世紀(jì)生命科學(xué)研究領(lǐng)域,海量的生物學(xué)數(shù)據(jù)快速大量積累,而對于生命科學(xué)領(lǐng)域的研究或技術(shù)人員來說,運用生物信息學(xué)工具從海量的生物數(shù)據(jù)中挖掘信息及發(fā)現(xiàn)新知識已成為亟需掌握的技能。
本書共設(shè)計了10個實驗。章為緒論,主要介紹生物信息學(xué)發(fā)展的歷史及在未來生命科學(xué)研究中的作用;第二章介紹常用的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫,講述核酸序列數(shù)據(jù)庫、蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫以及典型數(shù)據(jù)庫的格式和使用方法;第三章主要介紹數(shù)據(jù)檢索的原理及方法;第四章主要介紹核酸和蛋白質(zhì)序列的比對方法及應(yīng)用,著重講述雙序列比對的原理和常用工具:第五章和第六章主要介紹多序列比對的原理和常用工具括Clhustal 工具及利用Mega軟行系譜分析;第七章和第八章主要介紹基因組注釋及基因結(jié)構(gòu)分析的主要內(nèi)容、方法及工具;第九章和第十章則分別介紹從蛋白質(zhì)序列分析其基本理化性質(zhì)、結(jié)能的方法及其在研究中的應(yīng)用;第十一章主要介紹核酸序列的分析括核酸序列的拼接及編輯,設(shè)計引物及克隆軟件等
本書得到了國家專業(yè)(生物技術(shù))和塔里木大學(xué)專業(yè)(應(yīng)用生物科學(xué))建設(shè)項目的資助,在此表示感謝!本書借鑒和參考了多位同行的有關(guān)書籍、文獻,在此謹(jǐn)向參考資料的有關(guān)作者致以誠摯的謝意!由于時間和水平有限,書中難免存在疏漏和不足之處,敬請不吝指正。
羅曉霞:博士,教授,就職于塔里木大學(xué)生命科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,生物信息學(xué)專業(yè)負(fù)責(zé)人。全國分子微生物及生物工程專業(yè)委員會委員,微生物學(xué)會常務(wù)理事,F(xiàn)從事微生物資源及其次級代謝產(chǎn)物的挖掘研究。先后主持完成國家自然科學(xué)青年項目一項;兵團博士項目1項;塔里木大學(xué)校長1項;上海交通大學(xué)微生物代謝國家實驗室開放課題一項。主持兵團中青年領(lǐng)才項目1項;參與完成國家973計劃項目1項,排名第4;參與完成國家863計劃項目1項,排名第3;獲兵團科步獎,排名第3;獲塔里木大學(xué)科步,排名第3;文12篇,期中SCI收錄10篇。指導(dǎo)完大學(xué)生創(chuàng)新項目3項,指導(dǎo)大學(xué)生“挑戰(zhàn)杯”競賽全國1次,兵團2次;自治區(qū)“微生物學(xué)”教學(xué)團隊的骨,主要承擔(dān)生物信息學(xué),發(fā)酵工程,現(xiàn)代微生物生物技術(shù),高級微生物等課程的教學(xué)任務(wù),參與出版專著1部,出版教材1部,獲塔里木大學(xué)優(yōu)秀教材。
第一章緒論
第二章生物信息數(shù)據(jù)庫與軟件搜索
第三章數(shù)據(jù)庫的檢索
第四章利用BLAS行序列相似性比對
第五章多序列對位排列——Clustal分析
第六章分化分析——系化樹的構(gòu)建
第七章 基因預(yù)測
第八章 基因精細(xì)結(jié)構(gòu)的預(yù)測
第九章蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)的預(yù)測
第十章蛋白質(zhì)高級結(jié)構(gòu)的預(yù)測
第十一章核酸序列的其他分析