本書以復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)和基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的復(fù)雜系統(tǒng)動(dòng)力學(xué)為研究對(duì)象，提出了一種描述復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)演化的方法。本書既有基于數(shù)據(jù)庫的理論研究及公式圖表推演，也有案例分析，比如對(duì)9年內(nèi)在同一超市購物的563個(gè)忠實(shí)顧客購買商品的狀態(tài)軌跡進(jìn)行追蹤研究，還有對(duì)l7位接種H3N2流感病毒的志愿者的基因表達(dá)狀態(tài)變化進(jìn)行檢測(cè)研究等。通過網(wǎng)絡(luò)時(shí)空結(jié)構(gòu)的比較，探討了癌癥基因標(biāo)志物及癌癥細(xì)胞生存的環(huán)境、流感發(fā)病前在基因網(wǎng)絡(luò)上的表現(xiàn)以及基于顧客在超市購物軌跡變化的社會(huì)網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)特征描述等問題。這些成果可用于疾病診斷及藥物研發(fā)等。
章緒論1
節(jié)復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)在生理方而的研究／1
一、系統(tǒng)生物學(xué)／1
二、細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)／2
三、基于模塊性質(zhì)的細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)研究／4
四、細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)比較研究／6
五、復(fù)雜疾病標(biāo)志物／7
六、代謝網(wǎng)絡(luò)逆向工程／1O
七、網(wǎng)絡(luò)狀態(tài)變化與疾病預(yù)測(cè)／14
第二節(jié)復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)在社會(huì)方面的研究背景及現(xiàn)狀／16
一、社會(huì)網(wǎng)絡(luò)理論／17
二、社會(huì)網(wǎng)絡(luò)理論的主要研究方法／19
第三節(jié)該項(xiàng)目的主要研究內(nèi)容／21
一、研究方法／21
二、主要內(nèi)容和創(chuàng)新點(diǎn)／21
三、存在的問題廈應(yīng)對(duì)策略／23
第二章復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)基本理論25
節(jié)復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)的特征／27
網(wǎng)絡(luò)圖論／27
二、度和度的分布／28
三、網(wǎng)絡(luò)直徑和短路徑長度／28
四、聚類系數(shù)／29
五、介數(shù)中心度／30
六、同配性與異配性／30
七、社區(qū)化結(jié)構(gòu)／30
八、分形結(jié)構(gòu)／31
九、k-Core結(jié)構(gòu)／32
第二節(jié)復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)基本模型／32
一、規(guī)則網(wǎng)絡(luò)模型／32
二、無規(guī)則網(wǎng)絡(luò)模型／33
三、復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)模型／34
第三章代謝網(wǎng)絡(luò)的重構(gòu)37
節(jié)背景介紹／37
一、網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)的確定／38
二、生化反應(yīng)方向的確定／38
第二節(jié)構(gòu)造魚腥藻代謝網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)及方法／38
一、代謝反應(yīng)數(shù)據(jù)／39
二、反應(yīng)與酶的關(guān)系／39
三、酶與基因的關(guān)系／40
第三節(jié)代謝網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)／40
第四節(jié)代謝網(wǎng)絡(luò)／41
一、初步代謝網(wǎng)絡(luò)／41
二、代謝網(wǎng)絡(luò)的修正／42
三、反應(yīng)網(wǎng)絡(luò)／44
四、酶網(wǎng)絡(luò)／44
第五節(jié)魚腥藻代謝網(wǎng)絡(luò)／45
……
第四章基于代謝網(wǎng)絡(luò)逆向工程的結(jié)腸癌研究／48
第五章基于網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)篩選結(jié)腸癌標(biāo)志物／58
第六章以超市數(shù)據(jù)為例的網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)演化過程研究／70
第七章以感冒病毒感染為例的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)演化研究／80
第八章基于基尼系數(shù)的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)洞測(cè)量／90
第九章網(wǎng)絡(luò)冗余與進(jìn)化的關(guān)系研究／99
第十章基于可見圖的采樣頻率時(shí)間序列的相關(guān)性研究／109
總結(jié)與展望／128
參考文獻(xiàn)／131
附錄／151
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